Отдел тюрем – центральное учреждение тюремной службы Эстонии, которое управляет работой тюрем и развивает ее. Отделом руководит вице-канцлер Министерства юстиции по вопросам тюрем, и от состоит из четырех служб, которыми руководят начальники служб, одновременно являющиеся заместителями вице-канцлера, а также главный капеллан. Вице-канцлер по вопросам тюрем может отдавать тюрьмам распоряжения по всем направлениям деятельности.
Главная задача службы исполнения наказаний состоит в обеспечении безопасности тюрем. С этой целью она следит за тем, чтобы охрана в тюрьмах работала эффективно, соблюдался строгий порядок, а также, чтобы при размещении заключенных учитывались все риски для безопасности. Кроме того, служба ведет учет заключенных и организует деятельность вооруженных подразделений тюрем. Начальник службы отдает тюрьмам распоряжения в сфере исполнения наказаний, надзора и безопасности.
Служба ресоциализации заботится о том, чтобы заключенные после отбытия наказания были как можно лучше подготовлены к возвращению в общество. Эта деятельность включает в себя образование заключенных, социальную работу с ними, а также предупреждении наркомании и реабилитацию. Второе большое направление работы службы – все связанные с уголовным надзором вопросы. Начальник службы отдает тюрьмам распоряжения в сфере социальной работы, уголовного надзора и оказания медицинских услуг.
Служба права и развития занимается организацией деятельности и рабочими кадрами тюрем: следит, чтобы работа тюрьмы велась всесторонне и беспрепятственно (разрабатывая при необходимости соответствующие правовые акты), организует наем и обучение работников, решает связанные с бюджетами тюрем вопросы, занимается международным сотрудничеством и зарубежным общением, а также развивает систему открытых тюрем. Начальник службы отдает тюрьмам распоряжения в сфере финансов, экономики и работы общего отдела.
Задача службы внутреннего контроля заключается в обеспечении доверия к тюремной службе, а также следит за тем, чтобы в системе тюремной службы работали наиболее подходящие для этого люди. Служба заботится о том, чтобы тюремные служащие не совершали правонарушений: проверяется фон тех людей, которые желают поступить на работу в тюрьму или на учебу по специальности тюремного служащего. Наряду с этим, решаются вопросы правонарушений, причем работа службы охватывает надзор за тюрьмами, а также следственные действия и уголовное производство в тюрьмах, сбор и анализ информации. Начальник службы отдает тюрьмам распоряжения в сфере следственных действий, защиты государственной тайны и засекреченной внешней информации, а также в вопросах расследований.