В каждой тюрьме в Эстонии находится часовня и работают капелланы, благодаря чему заключенный может следовать своим религиозным убеждениям и сохранять традиции даже находясь в заключении. Работа капелланов способствует обеспечению свободы вероисповедания как основному праву. Капелланы поддерживают заключенного в его религиозных потребностях и помогают найти свою дорогу в обществе.
Служба капелланов организована в результате совместной деятельности Совета церквей Эстонии и государства и действует в духе сотрудничества церквей и вероисповеданий. В своей повседневной работе капеллан встречается с заключенными, которые относятся к разным церквям и следуют разным религиям и помогает им с решением вопросов на такие темы, как сохранение души, религиозные службы, традиции питания в связи с религией, праздники, символика и литература. Кроме этого, капеллан следит за религиозными потребностями и свободой вероисповедания всех заключенных, сотрудничая во имя этого с духовными лицами из разных церквей и религий, а также прибегая к помощи добровольцев.
Заключенный вправе регулярно встречаться с капелланом и принимать участие в церковных службах и религиозных мероприятиях. К двум основным направлениям религиозной деятельности относится индивидуальное сохранение души и участие в богослужениях и других религиозных церемониях. В числе важных религиозных служб, например, исповедь и причастие, а также крещение и конфирмационная служба. Кроме прочего, бывают случаи, когда капеллан совершает обряд венчания в тюрьме. Заключенный может обогатить свои религиозные знания на уроках богословия и конфирмационного обучения.
Капелланы принимают участие в процессе социализации заключенного, проводя социальные программы с религиозным уклоном и консультируя заключенного по религиозным и этическим вопросам. Капеллан также проводит работу по примирению с близкими и помогает наладить связь с некоторыми приходами или реабилитационными центрами, которые после освобождения могли бы предоставить заключенному социальную поддержку и уверенность. Капеллан координирует и деятельность добровольцев из различных религиозных объединений (см. Добровольцы в тюрьмах).